Bioemco est une unité de recherche pluridisciplinaire qui ambitionne de développer l'analyse de la structure, du fonctionnement et de la dynamique des environnements et des écosystèmes continentaux, terrestres et aquatiques. Pour y parvenir, elle combine des approches physiques, chimiques et écologiques grâce aux expertises variées de ses membres.

Le CIRED étudie les tensions entre environnement, gestion à long terme des ressources naturelles et développement économique.

Le LATMOS (Laboratoire Atmosphères, Milieux, Observations Spatiales) est une unité de recherche, crée le 1er janvier 2009. Il regroupe les activités antérieurement développées par le Service d'Aéronomie et par plus de la moitié du Centre d'Etudes des Environnements Terrestre et Planétaires (CETP). Ses principaux thèmes de recherche concernent les processus physiques et chimiques dans l'atmosphère Terrestre (depuis la basse atmosphère, jusqu'à la stratosphère et la mésosophère) et les échanges entre l'atmosphère et la surface terrestre (océan/continents), l'étude des planètes et petits corps du système solaire (atmosphères, surfaces, sub-surfaces), la physique de l'héliosphère, de l'exosphère des planètes, et des plasmas du système solaire. Le LATMOS est un laboratoire de l'Institut Pierre Simon Laplace.

Le laboratoire s'intéresse aux mécanismes, à l'évolution et à la prévision des phénomènes météorologiques et du climat. Ses trois thématiques de recherche sont : l'étude de l'interaction entre les différentes composantes du système climatique ; la détection et la compréhension des évolutions et de la variabilité naturelle du climat, des échelles saisonnières aux échelles décennales ; l'étude des conséquences globales des activités humaines sur l'environnement. Le LMD est un laboratoire de l'Institut Pierre Simon Laplace.

Le domaine de recherche du LPMAA est celui de la physique moléculaire appliqué à des thèmes de nature atmosphérique et astrophysique. Le LPMAA est une laboratoire de l'Institut Pierre Simon Laplace.

L'UFR regroupe une unité de recherche clinique et huit laboratoires dont les thématiques principales sont : l'épidémiologie, les cancers de la peau induits par l'environnement, les maladies de l'appareil respiratoire, les personnes âgées, les grossesses et la prématurité, les maladies mentales, les maladies métaboliques.

Les travaux de SISYPHE se focalisent sur les cycles de l'eau et des éléments qu'elle transporte dans les bassins versants, en intégrant leurs composantes de surface et souterraine. Les problématiques abordées portent plus spécifiquement sur : les ressources en eau et leur gestion ; la biochimie des eaux continentales ; les impacts de l'anthropisation ; les applications hydrologiques et archéologiques de la prospection géophysique ; les ressources énergétiques et le stockage des déchets (y compris le CO2).

CEMOTEV est une équipe d'accueil dont l'objectif est de renforcer les activités de recherche sur la diversité et la complexité des échelles de décision, qui sont en particulier liées à la mondialisation.
Leurs travaux portent en particulier :
- sur les dimensions de temporalités, de dépendances de sentier, et d'irréversibilité, qui permettent d'éclairer les vulnérabilités cachées ;
- sur les dimensions territoriales des processus économiques et sociaux, introduites par la mondialisation et les nouvelles articulations entre les différents niveaux d'échelles (mondial, continental, national et local) qu'elle produit, et les conflits qu'elle génère.
Les thématiques de recherche concernées sont les suivantes : mondialisation et gouvernance, vulnérabilités, réseaux énergétiques et cultures agro-énergétiques, aires "protégées" et territoires, valorisation et gestion des ressources naturelles, tourisme du local au global, filières de production mondiale.