Six lettres d'intention et 10 projets ont été envoyés au GIS Climat dans le cadre du troisième et dernier appel à projets de l'année 2008. Le Comité d'Orientation et le Conseil de Groupement ont retenu trois projets et quatre lettres d'intention :
- HASARDS : Statistiques & Risques Déterministes dans la Société ;
- EPI-C3 : Chimie de l'Atmosphère et Changement Climatique : aspects scientifiques, épistémologiques et politiques. Etude des projets de géo-ingénierie ;
- PRODIGUER : Projet de diffusion internationale des données du GIEC AR5: Une plate-forme pour la recherche.

Les quatre lettres d'intention, dont les porteurs ont été invités à présenter un projet détaillé, portaient sur les thèmes suivants :
- Interactions entre changement climatique et biodiversité ;
- PEPER: Plans d'Expérience appliqués à la Prévision des Extrêmes climatiques Régionaux ;
- ICARE : Indices Climatiques pour l'Assurance AgRicolE ;
- DECAO : Déstabilisation des clathrates et acidification de l'océan.